Zubiri inicia sus estudios de filosofía y teología en el Seminario de Madrid. En 1919, Ortega introduce a Zubiri en las principales corrientes del pensamiento europeo, y especialmente en la fenomenología de Husserl. Entre los años 1920 y 1921 Zubiri estudia filosofía en el Instituto Superior de Filosofía de la Universidad Católica de Lovaina (Bélgica), donde triunfa la neoescolástica, que intenta modernizar el tomismo reformulando su teoría del conocimiento en diálogo con Kant. Durante el mes de noviembre del año 1920 se traslada brevemente a Roma, donde obtiene su doctorado en teología.

En Lovaina Zubiri se encuentra con profesores como L. Noël, interesados en aprovechar todas las posibilidades de la fenomenología de Edmund Husserl, que en aquel momento está transformando el panorama filosófico europeo, es el objeto de la memoria de licenciatura que Zubiri presenta en febrero del año 1921 en Lovaina.

El 21 de mayo de ese mismo año, Zubiri presenta en la Universidad Central de Madrid su tesis doctoral de filosofía, dirigida por Ortega, y titulada Ensayo de una teoría fenomenológica del juicio, constituye la primera obra sobre Husserl en lengua no alemana. En el mismo año 1921 Zubiri fue ordenado sacerdote en Pamplona.

En marzo de 1923 asiste en Madrid a una serie de conferencias que dicta Albert Einstein sobre la teoría de la relatividad restringida (1905) y sobre la teoría de la relatividad general (1916). La física de Einstein abre un nuevo horizonte y plantea la necesidad de revisarlo todo en las ciencias físicas a partir de los nuevos principios. Zubiri comprende que no se puede construir una filosofía ignorando los progresos de las ciencias. Husserl había mostrado que los problemas filosóficos nacen de la necesidad de fundamentar la ciencia y de interpretar sus resultados.

Zubiri comienza a interesarse por el estudio de las matemáticas y se matricula en las asignaturas de Análisis Matemático y Geometría Métrica de la Facultar de Ciencias. Durante dos cursos seguirá todo un programa de asignaturas de matemáticas y física. En junio de 1924 consigue aprobar cuatro asignaturas dos de Análisis Matemático y dos de Cálculo Infinitesimal.

En el año 1926, gana por oposición la cátedra de Historia de la Filosofía de la Facultad de Filosofía y Letras en la Universidad Central de Madrid.

En el año 1929 Zubiri se traslada a Friburgo de Brisgovia (Alemania), con el objeto de ampliar sus estudios, y allí sigue cursos con Edmund Husserl y con Martin Heidegger, que en 1927 había publicado Sein und Zeit.

Zubiri asume de un modo entusiasta esta radicalización de la fenomenología, pero al mismo tiempo permanece crítico ante las ideas de Heidegger, como tuvo ocasión de manifestárselo al filósofo alemán en alguna ocasión. Pero la pregunta heideggeriana por el ser a partir de la nada refleja, para Zubiri, la pervivencia de ideas filosóficas de origen teológico que han caracterizado a toda la modernidad (el horizonte de la nihilidad). Antes del ser, dirá Zubiri, está la realidad aprehendida en el contacto inmediato con las cosas. No hay prioridad del ser frente a la realidad (el esse reale de la Escolástica), la realidad no es un modo de ser.

En febrero de 1930, Zubiri cree agotado su trabajo en Friburgo. Pero antes de partir, escribe una carta personal a Heidegger, comunicándole toda su frustración y la decepción que le ha producide su hermetismo y su distancia. Heidegger le responde con una invitación a cenar. Después de la cena los dos tienen ocasión de mantener una larga conversación en la que Zubiri le expone correcciones, matices y aclaraciones a su filosofía. Según Zubiri, la tarea que se ha propuesto Heidegger, pensar el ser desde el tiempo, no podrá llevarla a cabo sin acudir a algo que está más allá del ser. El ser es posterior a la realidad.

Zubiri no quiere descuidar sus estudios científicos, en la firme creencia de que la filosofía no puede permanecer al margen de la gran revolución física del momento. Quiere conocer a los principales protagonistas de esta revolución. Debe dirigirse a Múnich y Berlín para hacerse una idea cabal de las implicaciones filosóficos de los nuevos avances de la ciencia.

“A lo largo de su vida, los saberes matemáticos, físicos, biológicos y neurobiológicos sobrarán una gran importancia, mucho más que los saberes sociales y mucho más que la poesía y la literatura, las musas preferidas de Martín Heidegger” (Corominas / Vicens, 2005: 212).

En abril de 1930, Zubiri parte de Friburgo hacia Múnich. Quiere conocer el trabajo del Instituto de Física Teórica de Múnich y las investigaciones del físico teórico Arnold Sommerfeld. La gran revolución en el campo de la física se está produciendo desde principios de siglo en Múnich, Gotinga, Copenhague y Berlín. Einstein (teoría de la relatividad), Planck y Schrödinger (mecánica cuántica), enseñan en Berlín y, en septiembre, Zubiri tendrá oportunidad de conocerlos personalmente.

En 1924, empezaron a aparecer los escritos de Niels Born Sobre la mecánica cuántica. La nueva física cuántica asesta el golpe decisivo a la concepción determinista del mundo. La relatividad de Einstein había eliminado algunos de los presupuestos epistemológicos de la física de Newton, pero no puso en cuestión la representación determinista de la naturaleza. En 1926, Schrödinger había publicado su revolucionario trabajo sobre mecánica ondulatoria, dando fórmula matemática (ecuación de Schrödinger) a la hipótesis de Louis de Broglie, premio Nobel en 1921. En 1927, Heisenberg ya había formulado su principio de indeterminación: toda observación es interacción entre el observador y el fenómeno observado.

Zubiri llega a Berlín en septiembre de 1930. Como catedrático, se aloja en Harnack Haus, residencia reservada para profesores del Instituto de Física y Química. Cada semana hay coloquios entre colegas: Einstein, Planck, Heisenberg. Planck se retiró de la universidad en 1927. Sucesor será Erwin Schrödinger.

Zubiri estudia biología con Hans Spemann y Otto Mangold, defensores de la tesis epigenista. Asiste también al fórum sore la teoría de la Gestalt: Wertheimer, Koffka y Wolfgang Köhler. Conoce los trabajos del neurólogo Kurt Goldstein. Finalmente, sigue un curso de matemáticas con Ernst Zermelo, a través del cual toma conocimiento del famoso teorema de incompletitud que acaba de formular (1931) un joven matemático vienés, Kurt Gödel: no hay ningún sistema formal matemático, con un número finito de axiomas, que sea completa, siempre contendrá proposiciones no derivables de sus axiomas. El teorema de Gödel es posiblemente el descubrimiento matemático más importante del Siglo XX.

Tras casi tres años de estancia en Alemania, vuelve a España y en 1935 se fue a Roma, ocasión en que se secularizó y contrajo matrimonio, un año después, con Carmen Castro Madinaveitia, hija del historiador español Américo Castro.

Durante la guerra civil española el matrimonio marchó a París, donde permaneció hasta el fin de la misma. En esa ciudad, Zubiri trabajó en Física con Louis de Broglie y Filología con Émile Benveniste.

Al acabar la guerra regresó a España, y aceptó la cátedra de filosofía en Barcelona. Poco después pidió la excedencia, descontento por la falta de libertad de pensamiento. Desde entonces impartió cursos privados, muchos de ellos publicados a título póstumo.

En 1947 se creó la Sociedad de Estudios y Publicaciones, de la que fue presidente. En 1980, a pesar de su avanzada edad y con el apoyo de algunos de sus alumnos del Seminario de Investigación Xavier Zubiri, creado en 1971 por el propio Zubiri en el marco de la Sociedad de Estudios y Publicaciones, desarrolló la trilogía de Inteligencia sentiente. Falleció en Madrid, el 21 de septiembre de 1983.

Zubiri pinchó muchas burbujas filosóficas, empezando por la burbuja ontológica (ontología fundamental) de Heidegger: la realidad precede al ser (está más allá del ser) y no es solo una modalidad del ser. Lo que Zubiri, en el fondo, deconstruye es la idea tradicional de realidad: la realidad es una formalidad y no un contenido. «Deconstruir: Deshacer analíticamente algo para darle una nueva estructura» (RAE: DLE).

«Mi vida intelectual ha discurrido como una corriente bordeada y encauzada por dos riberas: una, la idea de liberar el concepto de realidad de su adscripción a la sustancia (Sobre la esencia, 1962). La otra ribera es la de liberar la intelección, la inteligencia, de la adscripción a la función de juzgar. Lo que no sea juzgar, se nos decía, es solo tener ideas, e ideas se pueden tener muchas, pero solamente el juicio que afirma es el que pretende decirnos lo que es realmente la cosa sobre la que se afirma. Eso me parecía –y me sigue pareciendo– una ingente insuficiencia.» [Xavier Zubiri: “Palabras de presentación: Inteligencia y Logos, Inteligencia y razón, en Escritos menores (1953-1983). Madrid: Alianza Editorial, 2007, p. 333-334]

Zubiri desintoxicó la metafísica de la infección ontológica, eliminó de la metafísica el virus ontológico y deconstruyó conceptos intocables de la tradición filosófica que consideraba sustantivaciones. Hay conceptos que se erigen en categorías sustantivadas sobre las que se intenta explicar todo sin necesidad de ser ellos mismos explicados.

«Es utópico pensar que accedemos de modo ingenuo e inmediato a las cosas. Por eso no hay intuiciones, término que Zubiri evita sistemáticamente. Todo conocimiento, incluso el más simple, está mediado. La mayor parte de nuestras ideas y opiniones se hallan sesgadas por múltiples prejuicios. Esto, que pasa en la vida cotidiana, ocurre también en filosofía. Y lo grave es que los prejuicios de los filósofos acaban convirtiéndose en cultura y gravitando como pesadas losas sobre el común de los mortales. De ahí la importancia de esa higiene mental básica que cabe llamar higiene filosófica.» [Gracia, Diego: El poder de lo real. Leyendo a Zubiri. Madrid: Triacastela, 2017, p. 25-26]

«Con la complejidad y la distinción de las cosas que hay en el mundo, con el carácter irreductible que tiene la vida humana y el fluir de los acontecimientos del hombre, con las conexiones reales en el mundo físico, hay que ir alumbrando penosamente e iluminando esto de qué pueda ser un orden transcendental. Que en estos balbuceos mi intento carezca de razón y sea fallido, eso no tiene importancia.» [X. Zubiri: Sobre la realidad, pp. 156-157]

«No nos perdamos en imaginaciones y fantasías. Nos basta con haberlo conceptuado.» [Xavier Zubiri: El problema teologal del hombre: Cristianismo, p. 413]

«Cada uno es hijo de sus propios pecados. Y en este caso mis pecados están impresos.» [Xavier Zubiri: La estructura dinámica de la realidad, p. 8]

«Está bien tener ocurrencias, pero no es imprescindible publicarlas.» [Edmund Husserl]

La acerada prosa didáctica de Zubiri se asemeja más a la de Aristóteles que a la de Platón y contrasta con la iridiscente prosa de Ortega y Gasset; la una esclarece, la otra deslumbra.

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